病原微生物檢測是直接檢測病原微生物，或其抗原、代謝產物、核酸等。下面說說這兩種常見的檢測方法。
1、生化方法
生化方法檢測病原微生物實際上是測定微生物特異性酶。由于各種微生物所具有的酶系統不全相同，對許多物質的分解能力亦不一致。因此可利用不同底物產生的不同代謝產物來間接檢測該微生物內酶的有無，從而達到檢測特定微生物的目的。如沙門氏菌能產生辛酯酶，這一性能是除沙門氏菌外的各屬腸桿菌科細菌所不具備的。該方法是以42甲基傘形酮辛酯(MUCAP)為底物，經沙門氏菌的酶降解后，釋放出4MU，在紫外燈下觀察其發出的藍色熒光。該方法簡便易行，從加入底物到紫外燈下觀察到出結果僅需幾分鐘即可完成。其靈敏度和特異性分別可達95%和90%。對與H2S(+)反應的沙門氏菌該法更為敏感，靈敏度和特異性均接近100%。大腸埃希氏菌具β2葡萄糖醛酸酶，但以O157:H7為代表的腸出血性大腸埃希氏菌(EHEC)卻不具此酶，故β2葡萄糖醛酸酶陰性已成為初步篩查EHEC的重要特征。白色念珠菌具肽酶及N2已酰β2D半乳糖苷酶，分別以合適的試劑檢測，兩酶均陽性即為白色念珠菌。
2、血清免疫學方法
免疫學技術是利用特異性抗原抗體反應，觀察和研究組織細胞、特定抗原(抗體)的定性和定量技術。為了顯示和觀察這種抗原抗體反應，需要預先將某種標記物結合到抗體上，借標記物的熒光或酶的有色反應、放射性或高電子密度，在光鏡或電鏡下進行定性、定位或定量研究。各種形式的免疫分析方法如放射免疫分析(RIA)、酶免疫分析(EIA)、間接酶聯免疫吸附(ELISA)、熒光免疫分析(FIA)、生物發光免疫分析(BIA)、化學發光免疫分析(CIA)等，直接檢測微生物或通過間接檢測微生物的成份及微生物代謝產物(如毒素)檢出微生物。各大文獻數據庫提供的數據顯示，幾乎建立了病原體的血清學檢測方法，表明該方法也成為了一種實驗室常用的成熟的檢測技術。
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